دوره کهکشانی‌ها، عصر کالدرون و دو مدیریت پرز (2000تاکنون) در جولای سال 2000، فلورنتینو پرز به عنوان مدیر باشگاه انتخاب شد. وی در وعده‌های انتخاباتیش، قول برطرف کردن بدهی‌های سنگین باشگاه، افزایش امکانات و مدرن کردن باشگاه را داده بود هرچند که وعده اصلی وی، امضای قرارداد با لوئیز فیگو، ستاره آن زمان بارسلونا بود.در همان سال بود که پرز با صرف هزینه‌های سنگین، تیمی را تشکیل داد که به‌خاطر داشتن ستارگان بزرگ، در سرتاسر جهان به نام «کهکشانی‌ها» معروف شد. بازیکنان بزرگی چون زیدان، رونالدو، فیگو، کارلوس، رائول و بکهام از جمله ستارگان آن روزهای رئال مادریدی بودند که ویسنته دل بوسکه را به عنوان سرمربی خود می‌دید. اما با وجود این هزینه‌ها و کسب نهمین‌جام اروپایی و کسب قهرمانی لالیگا، پرز تصمیم گرفت تا دلبوسکه را برکنار کند، که همینکار وی باعث شد تا سفیدها در طی 3سال آینده، موفق به کسب هیچ جامی نشوند تا پرز از کار برکنار شود. در ادامه و در سال 2006 بود که رامون کالدرون به عنوان مدیر جدید باشگاه انتخاب شد. کالدرون بلافاصله کاپلو را مجدداً به عنوان مربی تیمش انتخاب کرد تا طلسم قهرمان نشدن تیم را بشکند. آنها برای اولین‌بار در طی4 سال گذشته، موفق به کسب جام شدند و لالیگا را با کاپلو فتح کردند. اما با این وجود، کاپلو بازهم یک فصل تنها در تیم دوام آورد و مجدداً اخراج شد..رئالی‌ها موفق شدند فصل بعد نیز 31مین قهرمانی خود را در لالیگا کسب کنند که این برای اولین بار در طی 18سال گذشته بود که دو سال پیاپی این جام را کسب کردند. در ژوئن 2009 و پس از 2سال ناکامی تیم و برکناری کالدرون، پرز مجدداً به عنوان مدیر باشگاه انتخاب شد. پرز مجدداً سیستم کهکشانی‌های خود را پیش گرفت. وی ابتدا کاکا را از تیم میلان خرید و پس از آن کریستیانو رونالدو را از منچستر یونایتد با رقم 80 میلیون یورو خریداری کرد که یک رکورد تاریخیست. رئالی‌ها با وجود خریدن بازیکنانی چون رونالدو، کاکا و آلونسو، نتوانستند زیر نظر مانوئل پلگرینی، جامی را کسب کنند و پرز وی را برکنار کرد. پس از آن، بعد از چندین روز مذاکره با ماسیمو موراتی، مدیر اینتر میلان ایتالیا، پرز توانست وی را راضی کند که اجازه خروج مربی خود، خوزه مورینیو را که برای آنها 3جام کسب کرده بود را بدهد تا مورینیو به عنوان مربی جدید تیم انتخاب و شروع بکار کند. آنها اولین جام خود با مورینیو را، با برد یک بر صفر خود برابر بارسلونا و در فینال جام حذفی بدست آوردند.